Pierwsza informacja o Borzęcinie pochodzi z 1475 r. Wówczas Jan Długosz w Liber Beneficiorum zapisał, że biskup krakowski Bodzanta Jankowski w 1364 r. założył na "pustkowiu-karczowisku" wieś. Na miejscu wykarczowanego lasu nadano gospodarzom po jednym łanie ziemi ( 24 – 27  ha ), a powstałą wieś nazwano Bodzantinem. Zgodnie z prawem magdeburskim, władze w nowo założonej wsi sprawował sołtys. Wieś zamieszkiwała ludność pochodzenia słowiańskiego. Nazwa wsi  wraz z upływem czasu ulegała wielokrotnej zmianie. Współczesną nazwę  wprowadził zaborczy rząd austriacki na przełomie XVIII i XIX w.

Wieś Borzęcin wchodziła w skład dóbr stołowych biskupów krakowskich i wraz z kilkunastoma innymi wsiami stanowiły uposażenie biskupstw krakowskiego w tzw. kluczu radłowskim. Chłopi odrabiali pańszczyznę w folwarku w Borzęcinie, Radłowie i Biskupicach Radłowskich.. W nowo założonej wiosce wybudowano drewniany kościół, młyn i karczmę. Pierwsza  wzmianka o szkole  parafialnej  pochodzi z  1596 r. W latach 1655-1657 Borzęcin padł ofiarą najazdów, grabieży wojsk szwedzkich i siedmiogrodzkich.  Od drugiej połowy XIV wieku do 1772 r., Borzęcin należał do powiatu pilzneńskiego, województwa sandomierskiego. Po 1772 r. znalazł się w granicach cesarstwa austriackiego, w powiecie  bocheńskim. W latach 1835-1836 liczba ludności Borzęcina zmalała o 1100 osób (z 6080 do 4980) na skutek katastrofalnej powodzi, klęski głodu, epidemii cholery i srogiej zimy. Średnia długość życia wynosiła w tamtym czasie zaledwie 28 lat. W 1848 r. uwłaszczono chłopów; innymi słowy epoka feudalna dobiegła końca. W 1867 r. po dokonaniu nowego podziału administracyjnego, Borzęcin włączony został do powiatu brzeskiego. Na polach bitew I wojny światowej, walcząc w CK Armii poległo 112 mieszkańców Borzęcina. W wolnej Polsce - od 1918 r. -  Borzęcin był tzw. gminą jednostkową, podobnie jak Bielcza czy Przyborów.

W 1935 r., kiedy utworzone zostały gminy zbiorowe, do Borzęcina przyłączono wieś Bielcza. Podczas II wojny światowej zginęło 143 jej mieszkańców. W niemieckich nazistowskich obozach koncentracyjnych zamordowanych zostało 64 osoby, w tym 43 narodowości żydowskiej. Podczas drugiej wojny światowej  zniszczone zostały drogi i mosty, a budynki szkolne zostały zdewastowane.  Po przejęciu w Polsce władzy przez PPR / PZPR w  latach 1945 -1989 zapanował marazm gospodarczy. Władze komunistyczne nie były zainteresowane jej rozwojem, tępiły rolnictwo, będące podstawą utrzymanie dla większości mieszkańców. Co bardziej przedsiębiorczy wyjeżdżali do pobliskich miast lub emigrowali do USA, a później Europy Zachodniej. W 1976 do Gminy Borzęcin przyłączono wsie Łęki i Przyborów. Wraz z reformą administracyjną (1975-1988) Gmina Borzęcin należała do województwa tarnowskiego. Od 1 stycznia 1999 r. tj. od wejścia w życie nowej reformy administracyjnej kraju, Borzęcin należy do powiatu brzeskiego, województwa małopolskiego. Borzęcin obecnie jest największą wsią w całym powiecie brzeskim.